来自深渊动画全集是由つくしあきひと原作漫画改编，故事讲述了在这个所有角落都被探索殆尽的世界中，还有一个唯一不为人知的秘境巨大洞穴「阿比斯」（深渊）。在这个不知延续至何方的深大洞穴内，栖息着各种奇妙的生物，沉睡着当今人类所无法制造的贵重「遗物」。阿比斯不可思议的形态使得人们趋之若鹜，冒险也随之展开。屡次挑战阿比斯的冒险家则被人们称为「探窟家」。在阿比斯入口上建起来的小镇「奥斯」居住着一名孤儿梨子（リコ），梦想着有朝一日成为母亲一样伟大的探窟家，解开阿比斯之谜。某一天，梨子在探窟时，捡到了一个少年形态的机器人？幻想与机械混杂的大冒险由此开始了！