《驱魔少年第二季》讲述改编自星野桂原作漫画作品，时间是假想的19世纪末。将脆弱的为悲剧而叹息的心中的灵魂叫唤出来、用魔导式将这些灵魂集结制作出AKUMA（恶魔），AKUMA成为不断重复着杀戮的杀人武器。因为诞生着更多的恐惧和悲剧而不断进化。制造AKUMA的，是企图将世界引向终结的千年伯爵率领的诺亚一族。而能将AKUMA破坏的唯一力量，来自于叫做黑色教团的组织。很久以前开始双方持续的战斗中、隐藏在背后的真相是？