被全球通缉的危险黑客组织Phantom20突然对日本金融界的中枢机构光明银行进行网络攻击！光明银行副行长宇田川（中尾彬 饰）一筹莫展之际，警方在警视厅刑事部长浪越谦次朗（香川照之 饰）的指挥下，在搜查总部秘密采取应急措施，却依然对罪犯束手无策。但是，一名男子拯救了这一前所未有的危机。他就是明智小五郎（西岛秀俊 饰）一位率领着一支实力超群的黑客技术团队TeamBD，自身也拥有丰富的网络知识和高超技术的人物！浪越看中了明智小五郎的才华，便派警视厅网络搜查支援室的主任小林芳雄（伊藤淳史 饰）去聘请他做网络犯罪搜查方面的顾问。紧接着，浪越就委托明智锁定某起案件的罪犯。大概在半个月之前，有人将包括原未成年犯现住址在内的绝密资料发布到了网上！浪越担心原未成年犯遭到二次伤害，一心只想尽快将罪犯抓捕归案。明智立刻破解了问题网站上出现的暗号，成功接触到自称SHADOW的罪犯。与此同时，SHADOW针对真正的目标展开行动。SHADOW宣布要对最初的目标进行制裁，并给出难解的暗号作为提示！破解暗号的期限为60分钟。面对SHADOW下的战书，明智面露无所畏惧的微笑正面应战。但是！？