《惊鸿骑士杰克斯》讲述改编自同名游戏作品。故事发生在与现实略有不同的地球。地球正遭受来自红之世界的侵略者NightflyONote的威胁。人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关LAG，并组成对NightflyONote战斗单位ScaredRider，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的NightflyONote侵袭再度开始了。第六战斗单位ScaredRiderXechs的成员们，为了与明一同守护世界，而投身于战场。这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语。