《飞翔的魔女》讲述改编自石冢千寻原作的同名漫画。剧中描述木幡真琴是一个15岁的魔女，她带著黑猫、搭著火车从横滨来到日本东北地区的青森，开始进行魔女的修练。他住进了远房亲戚仓本圭、仓本千夏这一对兄妹的家，也转学到当地的高中，开始在这座青森小镇里展开全新的生活。即使她现在的程度只能坐著竹扫帚飞上天，但还是很努力地学习魔法。於是，一段看似非日常的温馨日常生活冒险就此展开。