《终结的炽天使第二季》讲述打着人类世界最后的故事之旗号，描绘了某一天因未知病毒的肆虐，人类面临着灭亡的窘境。此时，只有13岁以下的孩子们不会被病毒所感染，而这些孩子被从地下都市出现的吸血鬼所囚禁，并作为血液的供方用于饲养家畜。两位主人公百夜优一郎和百夜米迦尔试图逃离，结果只有前者逃脱，后者则因濒死之际喝下了吸血鬼的血而成为了吸血鬼。为了替米迦尔报仇，对于吸血鬼有着满腔憎恶的优一郎决定加入帝鬼军，开启了与吸血鬼的战争。