Fate/Apocrypha动画全集改编自东出佑一郎执笔，近卫乙嗣作画的轻小说，故事叙述的是特殊的圣杯战役，其和冬木市的圣杯战役不同，能成为御主（Master）的魔术师有14人，同样从者（Servant）也有14名，更被分为了红黑两大阵营。《Fate/Zero》中提及的圣女贞德也以从者的身份登场。 在第三次圣杯战役过后，御三家爱因兹贝伦、远坂、马奇里处于虚弱无力的状态，大圣杯系统因而被纳粹势力所夺取，后来又被其他的魔术师搬运至别处。冬木市的圣杯战役也迎来了终结。 圣杯战役的资讯被发布，尔后在世界各地都发生了圣杯战役的亚种，呼唤英灵变得稀松平常。然而这些亚种的圣杯战役呼唤的英灵数量有限，且无法到达根源。 冬木市的圣杯被搬运至罗马尼亚，该地区的一支魔术师向时钟塔宣战，并打算成立新的魔术协会。他们使用圣杯系统呼唤了七名从者，而时钟塔使用了大圣杯的非常时期机制，另外呼唤了另一派别的七名从者。而圣杯自身也呼唤了一名特殊职阶的从者－裁定者（Ruler）。而故事的主线，就围绕在这红黑双方从者/御主之间的战斗以及和管理者的冲突而展开。