《学战都市Asterisk第二季》讲述袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作星脉世代、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目星武祭的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市六花。转学到星导馆学园高等部的特待生天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。