つくしあきひとの同名コミックを原作とするテレビアニメ「メイドインアビス」の劇場版総集編2部作の前編。隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴「アビス」。深く巨大なその縦穴には奇怪な生物たちが無数に生息し、現在の人類には作ることのできない貴重な遺物が眠っている。アビスに魅了された人々は冒険に駆り立てられ、幾度も大穴に挑戦する彼らはやがて「探窟家」と呼ばれるように。アビスの縁に築かれた街オースの孤児院で暮らす探窟家見習いの少女リコは、いつか母のような偉大な探窟家になることを夢見ていた。そんなある日、リコはアビスの中で少年の姿をしたロボットを拾い、こっそり連れ帰るが……。