故事开篇以穿梭于现代与战国时代的戈薇与犬夜叉终于从神乐那里得知宿敌奈落的要害心脏之所在的这一关键线索为原点，之后描写了许多打斗场面，而其间杀生丸以及拥有四魂之玉碎片的琥珀和钢牙也被迫卷入到这场宝玉争夺战之中。心生反叛奈落之心的神乐和魍魉丸等人在暗中伺机而动，桔梗则想要通过获得完整的四魂之玉进而达到消灭奈落的最终目的，然而已得到人之邪心的奈落却对此不以为意，似乎早就等待着这一刻。当四魂之玉完成之时，便是最终之战打响之日，一场围绕着四魂之玉的决斗一触即发。